按照国际自然与自然保护联盟（IUCN）1994年通过的濒危物种划分等级，五针白皮松属于“极危（CR）”物种。1999年被列为国家Ⅰ级保护植物。2012年9月，世界自然保护联盟将巧家五针松列为全球100个最濒危物种之一。